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Text File  |  1995-03-04  |  2.4 KB  |  50 lines
  1. ***********************************************
  2. * Transcription factor TFIIB repeat signature *
  3. ***********************************************
  4.  
  5. In eukaryotes the initiation  of  transcription  of protein  encoding genes by
  6. polymerase II is modulated by general and specific transcription factors.  The
  7. general transcription  factors operate through common promoters elements (such
  8. as the TATA box). At  least  seven  different  proteins associates to form the
  9. general  transcription factors:  TFIIA, -IIB, -IID, -IIE, -IIF, -IIG, and -IIH
  10. [1].
  11.  
  12. Transcription factor IIB (TFIIB) plays a central role in the  transcription of
  13. class II genes,  it  associates  with  a complex of TFIID-IIA bound to DNA (DA
  14. complex) to form a  ternary  complex TFIID-IIA-IBB (DAB complex) which is then
  15. recognized by RNA polymerase II [2,3].  TFIIB is a protein of about 315 to 340
  16. amino acid residues which contains, in its C-terminal part an imperfect repeat
  17. of a domain of about 75 residues.  This  repeat could contribute an element of
  18. symmetry to the folded protein.
  19.  
  20. The following proteins have been shown to be evolutionary related to TFIIB:
  21.  
  22.  - An  archaebacterial TFIIB  homolog.  In   Pyrococcus  woesei  a  previously
  23.    undetected  open reading  frame   has  been shown [4] to be  highly related
  24.    to TFIIB.
  25.  - Yeast transcription factor IIIB  70 Kd  subunit  (gene PCF4/TDS4/BRF1) [5].
  26.    This protein  is a general activator  of  RNA polymerase III  transcription
  27.    and could play a role analogous to that of TFIIB in pol III transcription.
  28.  
  29. As a signature pattern we selected the central section of the repeated domain,
  30. which is the most conserved part of that domain.
  31.  
  32. -Consensus pattern: G-[KR]-x(3)-[STAGN]-x-[LIVMA]-[GSA](2)-[CSA]-[LIVM]-
  33.                     [LIVMFY]-[LIVMA]-[GSA]-[SC]
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL. In most
  35.  cases this pattern is found twice, except  in  yeast TFIIB (gene SUA7)  where
  36.  the second copy of the domain is not detected by this pattern.
  37. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  38. -Last update: October 1993 / Text revised.
  39.  
  40. [ 1] Weinmann R.
  41.      Gene Expr. 2:81-91(1992).
  42. [ 2] Hawley D.
  43.      Trends Biochem. Sci. 16:317-318(1991).
  44. [ 3] Ha I., Lane W.S., Reinberg D.
  45.      Nature 352:689-695(1991).
  46. [ 4] Ouzounis C., Sander C.
  47.      Cell 71:189-190(1992).
  48. [ 5] Lopez-De-Leon A., Librizzi M., Puglia K., Willis I.M.
  49.      Cell 71:211-220(1992).
  50.